ภารกิจ (ตามพระราชบัญญัติองค์การเภสัชกรรม พ.ศ.2509)

1. ผลิตยาและเวชภัณฑ์
2. ส่งเสริมให้มีการศึกษาและวิจัยการผลิตยาและเวชภัณฑ์
3. ส่งเสริมการวิเคราะห์ยาและเวชภัณฑ์ รวมทั้งวัตถุดิบที่ใช้ผลิตยาและเวชภัณฑ์
4. ซื้อ ขาย แลกเปลี่ยน และให้ซึ่งยาและเวชภัณฑ์
5. ดำเนินธุรกิจที่เกี่ยวเนื่องกับการผลิตยาและเวชภัณฑ์

ภารกิจที่ได้รับมอบหมายจากกระทรวงสาธารณสุข

1. รักษาระดับราคายาและเวชภัณฑ์ไม่ให้เพิ่มสูงขึ้นโดยเร็ว
2. รักษาคุณภาพให้เป็นไปตามมาตรฐาน
3. จัดหาและสนองความต้องการด้านยาและเวชภัณฑ์ให้แก่หน่วยงานในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข
4. จัดหาและสนองความต้องการด้านวัคซีนและเซรุ่มให้แก่หน่วยงานในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข
5. สำรองยาและเวชภัณฑ์ตามแผนเตรียมพร้อมแห่งชาติ
6. จัดหา ส่งยาและเวชภัณฑ์แก่กองทุนและเวชภัณฑ์ประจำหมู่บ้านตามเป้าหมายของโครงการสาธารณสุขมูลฐาน
7. สนับสนุนนโยบายสาธารณสุขอื่นๆ นอกจากเรื่องยา และนโยบายที่เกี่ยวกับยาและเวชภัณฑ์ ทั้งด้านการผลิต การจัดหา การกระจาย การบริโภค การควบคุมการพึ่งตนเอง การใช้เทคนิคและทรัพยากรที่เหมาะสมภายในประเทศ